Page 227 - BUAP - Facultad de Medicina - Epigenética en las patologías

Tabla 1
Programas utilizados para análisis de metilación

Software Función

MethPrimer Diseño de iniciadores (primers) para PCR de metilación basada

en la conversión con bisulfito

Methyl Primer Búsqueda de islas CpG y diseño de primers para experimentos de

Express metilación

MethylPipe Análisis de metilomas de DNA de alta o baja resolución

compEpiTool En cooperación con MethylPipe hace un análisis integrando otros

datos epigenómicos, permitiendo la identificación de enhancers,

lncRNAs, estancamiento/dinámica de elongación de RNA Pol II

coMET Visualización de anotaciones genómicas a partir de EWAS para

analizar patrones de co-metilación

MethGo Análisis de datos obtenidos de secuenciación de genoma comple-

to tratado con bisulfito (WGBS)

meRanTK Análisis de alto rendimiento de datos de metilación de citosinas

en RNA

Batman Análisis de perfiles de inmunoprecipitación de DNA (MeDIP) ge-

nerados usando arreglos de oligonucleótidos (MeDIP-chip= o se-

cuenciación de nueva generación (MeDIP-seq)

lncRNAs: RNAs largos no codificantes

MODIFICACIONES EPIGENÉTICAS EN CÁNCER

La regulación epigenética en el cáncer es aberrante porque el epigenoma pre-
senta cambios globales tanto en la metilación del DNA como en los patrones de
modificación de las histonas. En tumores en etapas tempranas es común ob-
servar hipometilación global del DNA de las células tumorales (frecuentemente
en regiones con baja densidad de CpG, en zonas de secuencias repetidas, DNA
satélite y regiones asociadas con la lámina de la envoltura nuclear) e hiperme-
tilación de promotores específicos en islas CpG y en las “costas” de las islas
CpG con menor densidad de CpG (las costas son regiones a 2 kilobases de dis-

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